古く中国で行われた仏事で、日本では『日本書紀』の、推古天皇十四年（六〇六）四月、諸寺で行われていた記事が初見である。承和七年（八四〇）に清涼殿で修されてから、宮中行事として定着し、荘厳された祭壇の前に僧や公卿（くぎょう）たちの参会している様子が、平安時代末の『年中行事絵巻』に描かれている。また宮中のみならず、春宮（とうぐう）や中宮（ちゅうぐう）、そして貴族の私邸でも行われた。『源氏物語』「藤裏葉」の巻に、光源氏の邸宅である六條院において、宮中のそれをもしのぐ盛大な灌仏会が行われた様子が描かれている。

祭日は下鴨神社の祭神、玉依姫命が、上賀茂神社の祭神、賀茂別雷命を生んだ日、すなわち四月の中の酉の日（二回目の酉の日）とする。これに先立ち、斎院は鴨川で禊（みそぎ）を行った。祭の当日は、勅使（ちょくし）が参向し、朝廷からの幣（へい）と馬を奉る。勅使と斎院はまず宮中を出発して下鴨神社に参詣、そして上賀茂神社へと向かう。

その行列は数百人で構成され、盛大かつ華麗なものであった。当時単に「まつり」といえば賀茂祭のことをさすほどで、都中の関心を集め、群衆が見物し、しばしば見物場所をめぐっての喧嘩騒動が起こった。『源氏物語』「葵」の巻で、葵の上と六條御息所の従者たちがおこした「車争い」は有名で、しばしば『源氏物語』の名場面として絵画にも描かれた。

なおこの日、行列の構成員の頭、牛車、社の建物や柱、几帳、御簾と、あらゆるものに二葉葵（ふたばあおい）を付けたが、これは二葉葵が賀茂神社や賀茂祭を象徴する草であり、賀茂の神が二葉葵をもって自らをまつれと託宣したことにちなんでいる。

賀茂祭は、当時の一大イベントであり、『源氏物語』のみならず文学作品にしばしば取り上げられ、枚挙に暇がない。